construction de banques adn/arn et sequençage haut-debit de type short reads

INRAE de Montpellier

la présente consultation concerne des prestations de séquençage de données métabarcoding, méta génomiques et métatranscriptomiques d'insectes (moustiques et mouches) de terrain ou de laboratoire afin de caractériser la diversité et le rôle du microbiome dans la transmission de pathogènes. Celle-Ci sera exécutée dans le cadre du projet ERC Starting Grant Rosalind "Ecogenomics of Mosquito-Microbe Symbiosis for Novel Control Strategies of Infectious Diseases" (pi j. Reveillaud)

Date limite

Le délai de réception des offres était de 2022-05-16. L'appel d'offres a été publié le 2022-04-15.

Fournisseurs

Les fournisseurs suivants sont mentionnés dans les décisions d'attribution ou dans d'autres documents relatifs aux marchés publics :

• ADN ID
• plateforme Montpellier Genomix

Qui ?

• INRAE de Montpellier

Qu'est-ce que c'est ?

• Services de recherche › Services de laboratoire de recherche

Où ?

• Languedoc-Roussillon › Hérault

Historique des marchés publics

Date	Document
2022-04-15	Avis de marché
2022-04-22	Informations complémentaires
2022-11-24	Avis d'attribution de marché

Avis de marché (2022-04-15)
Objet
Champ d'application du marché
Titre: Services de laboratoire de recherche
Brève description:

Métadonnées de l'avis
Langue originale: français 🗣️
Type de document: Avis de marché
Nature du marché: Services
Réglementation: Union européenne, avec participation des pays de l'AMP
Vocabulaire commun pour les marchés publics (CPV)
Code: Services de laboratoire de recherche 📦
Code CPV supplémentaire: Services de laboratoire de recherche 📦
Lieu d'exécution
Région NUTS: Hérault 🏙️

Procédure
Type de procédure: Procédure ouverte
Type de soumission: Soumission pour tous les lots
Critères d'attribution
Offre la plus économique

Pouvoir adjudicateur
Identité
Pays: France 🇫🇷
Type de pouvoir adjudicateur: Organisme de droit public
Nom du pouvoir adjudicateur: inrae de Montpellier
Adresse postale: 2 place Pierre Viala
Code postal: 34060
Commune postale: Montpellier Cedex 2
Contact
Adresse Internet: http://Inrae.fr 🌏
Courrier électronique: sam-montpellier@inrae.fr 📧
Téléphone: +33 499612003 📞
URL des documents: https://www.marches-publics.gouv.fr 🌏
URL pour la participation: https://www.marches-publics.gouv.fr/?page=Entreprise.EntrepriseAdvancedSearch&AllCons&id=2012972&orgAcronyme=s2d 🌏

Référence
Dates
Date d'envoi: 2022-04-15 📅
Date limite de soumission: 2022-05-16 📅
Date de publication: 2022-04-20 📅
Identifiants
Numéro d'avis: 2022/S 077-210194
Numéro JO-S: 77
Informations complémentaires

les quantités prévisionnelles maximum d'échantillons à séquencer telles qu'elles ont été définies sur 4 années sont les suivantes :400 métagénomes de type " low biomass " ; 40 million de Paired-End reads/échantillon (ovaire); 80 million de Paired-End reads/échantillon (intestin), 2*150 nt Novaseq 6000 et QC des données

Objet
Champ d'application du marché
Informations sur les lots: néant
Intitulé du lot: constitution de banques de type " low biomass " et séquençage de type Illumina de métagenomes d'organes disséqués d'insectes (ovaires et intestins) par une approche " shotgun "
Numéro du lot: 1
Brève description:

les prestations attendues au titre du lot 1 sont les suivantes :- préparation des banques ADN de type " low biomass " ;- séquençage sur Illumina Novaseq 6000 (environ 40 M de lectures attendues par échantillon d'ovaire ; couverture du génome de Wolbachia 50x, génome de 1,4 Mb ; et environ 80 M de lecture par échantillon d'intestin); Dual Indexing ;- longueur des séquences : 2*150 basepair, paired-end sequencing ;- génération des fichiers Fastq, sans nettoyage des adaptateurs.l'usc MIVEGEC enverra au titulaire des ADN génomiques. L'Envoi se fera par transporteur afin d'avoir suivi de la réception

Valeur estimée hors TVA: 110 000 EUR 💰
Durée de l'accord: 48 mois
Description des renouvellements:

chaque accord-cadre est conclu pour une durée de 12 mois à compter de sa date de notification. Chaque accord-cadre est tacitement reconductible 3 fois par périodes successives de 12 mois sans que leur durée totale ne puisse excéder 48 mois (soit 4 ans)

Description des options:

en application de l'article R.2122-7 du code de la commande publique, l'acheteur se réserve la possibilité de conclure un marché négocié sans publicité ni mise en concurrence préalables pour la réalisation de prestations similaires à celles confiées au titulaire de chaque lot dans un délai de 3 ans à compter de la notification du lot considéré

Nom du projet ou programme financé par l’UE: cet accord-cadre est exécuté dans le cadre du projet ERC Starting Grant Rosalind "Ecogenomics of Mosquito-Microbe Symbiosis for Novel Control Strategies of Infectious Diseases" (pi j. Reveillaud)
Informations complémentaires:

Intitulé du lot: constitution de banques de type " low biomass " en UDI incluant ribodéplétion en Arnr bactéries et insectes, incorporation d'umi et séquençage de type Illumina de métatranscriptomes
Numéro du lot: 2
Brève description:

les prestations attendues au titre du lot 2 sont les suivantes :- préparation de banques ARN de type " low biomass " avec le kit Tecan " Universal Rna-Seq with Nuquant" ou équivalent (avec UDI, Dual Indexing) incluant la déplétion des ARN ribosomiques de l'insecte et des bactéries avec les kits Ribozero & Tecan custom anydeplete, et le multiplexage via l'incorporation d'umi (aka molecular tags) pour l'élimination des duplicats - séquençage sur Illumina Novaseq 6000 (environ 40 M de lectures attendues par échantillon) ;- longueur des séquences : 2*150 basepair, paired-end sequencing ;- génération des fichiers Fastq, sans nettoyage des adaptateurs.l'usc MIVEGEC enverra au titulaire des échantillons d'arn congelés dans la carboglace. L'Envoi se fera par transporteur afin d'avoir suivi de la réception

Valeur estimée hors TVA: 100 000 EUR 💰
Informations complémentaires:

les quantités prévisionnelles maximum d'échantillons à séquencer telles qu'elles ont été définies sur 4 années sont les suivantes :160 (Métatranscriptomes ovaires individuels labo) et 240 (Métatranscriptomes pools de 3 midguts)

Intitulé du lot: constitution de banques d'amplicons 16s (fragment V3-V4 du gène de l'arnr 16s) et séquençage de type Illumina metabarcoding d'organes disséqués d'insectes sur échantillons individuels
Numéro du lot: 3
Brève description:

les prestations attendues au titre du lot 3 sont les suivantes :- préparation de banques d'amplicon 16s (Fragment V3-V4 du gène de l'arnr 16s)- séquençage sur Illumina Miseq (environ 20.000 séquences/échantillon)- longueur des séquences : 2*250 basepair, paired-end sequencing avec un overlap de 30bp minimum entre R1 et R2 - génération des fichiers Fastq, sans nettoyage des adaptateursl'usc MIVEGEC enverra au titulaire des ADN génomiques. L'Envoi se fera par transporteur afin d'avoir suivi de la réception

Valeur estimée hors TVA: 10 000 EUR 💰
Informations complémentaires:

les quantités prévisionnelles maximum d'échantillons à séquencer telles qu'elles ont été définies sur 4 années sont les suivantes :330 amplicons 16s (Fragment V3-V4 du gène de l'arnr 16s) ; 20 000 Paired-End read/échantillon, 2*250 nt Miseq et QC données

Procédure
Base juridique: 32014L0024
Heure limite de réception des offres: 12:00
Langues dans lesquelles les offres ou les demandes de participation peuvent être présentées: anglais 🗣️
français 🗣️
Période de validité de l'offre: 4 mois
Date d'ouverture des offres: 2022-05-16 📅
Heure d'ouverture des offres: 14:00
Informations complémentaires:

il s'agit d'une date indicative et la séance d'ouverture des plis n'est pas publique

Pouvoir adjudicateur
Contact
Adresse du profil d'acheteur: https://www.marches-publics.gouv.fr 🌏
URL des documents: https://www.marches-publics.gouv.fr 🌏

Référence
Informations complémentaires

les quantités maximum d'échantillons à séquencer sur 4 années sont définies à l'article 1.3 du règlement de consultation et sont également détaillées dans le présent avis d'appel public à la concurrence

Informations complémentaires
Organe de révision
Nom: tribunal Administratif de Montpellier
Adresse postale: 6 rue Pitot
Commune postale: Montpellier Cedex
Code postal: 34063
Pays: France 🇫🇷
Téléphone: +33 467548100 📞
Courrier électronique: greffe.ta-montpellier@juradm.fr 📧
Fax: +33 461547410 📠
Informations sur les délais d'introduction des recours:

précisions concernant les recours susceptibles d'être introduits à l'encontre de la procédure ou du marché, ainsi que sur les délais d'introduction de ces recours : - référé précontractuel prévu aux articles L. 551-1à L. 551-12 du code de justice administrative (Cja), pouvant être introduit depuis le début de la procédure de passation jusqu'à la signature du marché ;- référé contractuel prévu aux articles L. 551-13 à L. 551-23 du CJA, pouvant être exercé dans les délais prévus à l'article R. 551-7 du CJA ;- recours de pleine juridiction contestant la validité du marché dans un délai de 2 mois à compter de l'accomplissement des mesures de publicité appropriées au sens de la décision Département de Tarn-Et-Garonne (CE, Ass., 4 avril 2014, no358994). Ce recours en contestation de validité peut être assorti d'une demande tendant, sur le fondement de l'article L. 521-1 du code de justice administrative, à la suspension de l'exécution du contrat

Service auprès duquel des informations sur la procédure de recours peuvent être obtenues
Identique à : Organe de révision
Source: OJS 2022/S 077-210194 (2022-04-15)

Informations complémentaires (2022-04-22)
Objet
Champ d'application du marché
Numéro de référence: INRAE-c24-2022-004
Métadonnées de l'avis
Type de document: Informations complémentaires

Référence
Dates
Date d'envoi: 2022-04-22 📅
Date limite de soumission: 2022-05-23 📅
Date de publication: 2022-04-27 📅
Identifiants
Numéro d'avis: 2022/S 082-222133
Se réfère à l'avis: 2022/S 077-210194
Numéro JO-S: 82
Source: OJS 2022/S 082-222133 (2022-04-22)

Avis d'attribution de marché (2022-11-24)
Objet
Champ d'application du marché
Valeur totale du marché: 223394.40 EUR 💰
Métadonnées de l'avis
Type de document: Avis d'attribution de marché

Procédure
Type de soumission: Sans objet

Référence
Dates
Date d'envoi: 2022-11-24 📅
Date de publication: 2022-11-29 📅
Identifiants
Numéro d'avis: 2022/S 230-663929
Numéro JO-S: 230

Procédure
Critères d'attribution
Critère de qualité (nom): Valeur Technique
Critère de qualité (pondération): 40
Critère de qualité (nom): Délais d'exécution des prestations
Critère de qualité (pondération): 20
Prix (pondération): 40

Attribution du marché
Date de conclusion du contrat: 2022-08-01 📅
Nom: plateforme Montpellier Genomix
Numéro d'enregistrement national: 108008901300395
Adresse postale: 141 Rue de la Cardonille
Commune postale: Montpellier
Code postal: 34094
Pays: France 🇫🇷
Hérault 🏙️
Adresse Internet: https://www.mgx.cnrs.fr/ 🌏
Valeur totale du marché: 100625.40 EUR 💰
Numéro d'enregistrement national: 180 089 013 00395
Adresse postale: 141 rue de la Cardonille
Valeur totale du marché: 112 872 EUR 💰
Nom: adn id
Numéro d'enregistrement national: 492 218 862 00034
Adresse postale: 830 Avenue du Campus Agropolis
Commune postale: Montferrier-sur-Lez
Code postal: 34980
Adresse Internet: http://www.adnid.fr 🌏
Valeur totale du marché: 9 900 EUR 💰
Informations sur les appels d'offres
Nombre d'offres reçues: 8
4
9

Informations complémentaires
Organe de révision
Informations sur les délais d'introduction des recours:

les recours susceptibles d'être introduits à l'encontre de la procédure ou du marché, ainsi que sur les délais d'introduction de ces recours figurent à la rubrique Vi.4.3 de l'aap (formulaire européen).La date de signature du marché est le 01/08/2022 et la date de notification du marché aux titulaires est le 02/08/2022.le présent avis d'attribution correspond à l'accomplissement des mesures de publicité appropriées au sens de la décision Département de Tarn-Et-Garonne (CE, Ass., 4 avril 2014, no358994). Le contrat est consultable dans le respect des secrets protégés par la loi no78-753 du 17 juillet 1978 codifiée dans le livre III du code des relations entre le public et l'administration, sur place à l'adresse indiquée à la rubrique 1.1 après une demande écrite adressée par courriel (sam-montpellier@inrae.fr) au service financier et comptable du centre INRAE Occitanie-Montpellier et uniquement sur prise de rendez-vous du lundi au vendredi de 9:30 à 11:30 et de 14:30 à 16:00, hors jours fériés et jours de fermeture du site

Source: OJS 2022/S 230-663929 (2022-11-24)

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