la présente consultation concerne des prestations de séquençage de données métabarcoding, méta génomiques et métatranscriptomiques d'insectes (moustiques et mouches) de terrain ou de laboratoire afin de caractériser la diversité et le rôle du microbiome dans la transmission de pathogènes. Celle-Ci sera exécutée dans le cadre du projet ERC Starting Grant Rosalind "Ecogenomics of Mosquito-Microbe Symbiosis for Novel Control Strategies of Infectious Diseases" (pi j. Reveillaud)
Date limite
Le délai de réception des offres était de 2022-05-16.
L'appel d'offres a été publié le 2022-04-15.
Fournisseurs
Les fournisseurs suivants sont mentionnés dans les décisions d'attribution ou dans d'autres documents relatifs aux marchés publics :
Objet Champ d'application du marché
Titre: construction de banques adn/arn et sequençage haut-debit de type short reads
Produits/services: Services de laboratoire de recherche📦
Brève description:
“la présente consultation concerne des prestations de séquençage de données métabarcoding, méta génomiques et métatranscriptomiques d'insectes (moustiques et...”
Brève description
la présente consultation concerne des prestations de séquençage de données métabarcoding, méta génomiques et métatranscriptomiques d'insectes (moustiques et mouches) de terrain ou de laboratoire afin de caractériser la diversité et le rôle du microbiome dans la transmission de pathogènes. Celle-Ci sera exécutée dans le cadre du projet ERC Starting Grant Rosalind "Ecogenomics of Mosquito-Microbe Symbiosis for Novel Control Strategies of Infectious Diseases" (pi j. Reveillaud)
Afficher plus Informations sur les lots
Des offres peuvent être soumises pour tous les lots
Champ d'application du marché
Le pouvoir adjudicateur se réserve le droit d'attribuer des marchés combinant les lots ou groupes de lots suivants: néant
1️⃣ Champ d'application du marché
Titre:
“constitution de banques de type " low biomass " et séquençage de type Illumina de métagenomes d'organes disséqués d'insectes (ovaires et intestins) par une...”
Titre
constitution de banques de type " low biomass " et séquençage de type Illumina de métagenomes d'organes disséqués d'insectes (ovaires et intestins) par une approche " shotgun "
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Numéro d'identification du lot: 1
Description
Produits/services supplémentaires: Services de laboratoire de recherche📦
Lieu d'exécution: Hérault🏙️
Description du marché:
“les prestations attendues au titre du lot 1 sont les suivantes :- préparation des banques ADN de type " low biomass " ;- séquençage sur Illumina Novaseq...”
Description du marché
les prestations attendues au titre du lot 1 sont les suivantes :- préparation des banques ADN de type " low biomass " ;- séquençage sur Illumina Novaseq 6000 (environ 40 M de lectures attendues par échantillon d'ovaire ; couverture du génome de Wolbachia 50x, génome de 1,4 Mb ; et environ 80 M de lecture par échantillon d'intestin); Dual Indexing ;- longueur des séquences : 2*150 basepair, paired-end sequencing ;- génération des fichiers Fastq, sans nettoyage des adaptateurs.l'usc MIVEGEC enverra au titulaire des ADN génomiques. L'Envoi se fera par transporteur afin d'avoir suivi de la réception
Afficher plus Critères d'attribution
Le prix n'est pas le seul critère d'attribution et tous les critères ne sont énoncés que dans les documents de passation de marchés
Champ d'application du marché
Valeur totale estimée hors TVA: EUR 110 000 💰
Durée du contrat, de l'accord-cadre ou du système d'acquisition dynamique
Le délai ci-dessous est exprimé en nombre de mois.
Description
Durée de l'accord: 48
Durée du contrat, de l'accord-cadre ou du système d'acquisition dynamique
Ce contrat est susceptible d'être renouvelé ✅ Description
Description des renouvellements:
“chaque accord-cadre est conclu pour une durée de 12 mois à compter de sa date de notification. Chaque accord-cadre est tacitement reconductible 3 fois par...”
Description des renouvellements
chaque accord-cadre est conclu pour une durée de 12 mois à compter de sa date de notification. Chaque accord-cadre est tacitement reconductible 3 fois par périodes successives de 12 mois sans que leur durée totale ne puisse excéder 48 mois (soit 4 ans)
Afficher plus Informations sur les options
Options ✅
Description des options:
“en application de l'article R.2122-7 du code de la commande publique, l'acheteur se réserve la possibilité de conclure un marché négocié sans publicité ni...”
Description des options
en application de l'article R.2122-7 du code de la commande publique, l'acheteur se réserve la possibilité de conclure un marché négocié sans publicité ni mise en concurrence préalables pour la réalisation de prestations similaires à celles confiées au titulaire de chaque lot dans un délai de 3 ans à compter de la notification du lot considéré
Afficher plus Champ d'application du marché
Informations sur les fonds de l'Union européenne:
“cet accord-cadre est exécuté dans le cadre du projet ERC Starting Grant Rosalind "Ecogenomics of Mosquito-Microbe Symbiosis for Novel Control Strategies of...”
Informations sur les fonds de l'Union européenne
cet accord-cadre est exécuté dans le cadre du projet ERC Starting Grant Rosalind "Ecogenomics of Mosquito-Microbe Symbiosis for Novel Control Strategies of Infectious Diseases" (pi j. Reveillaud)
Afficher plus Description
Informations complémentaires:
“les quantités prévisionnelles maximum d'échantillons à séquencer telles qu'elles ont été définies sur 4 années sont les suivantes :400 métagénomes de type "...”
Informations complémentaires
les quantités prévisionnelles maximum d'échantillons à séquencer telles qu'elles ont été définies sur 4 années sont les suivantes :400 métagénomes de type " low biomass " ; 40 million de Paired-End reads/échantillon (ovaire); 80 million de Paired-End reads/échantillon (intestin), 2*150 nt Novaseq 6000 et QC des données
2️⃣ Champ d'application du marché
Titre:
“constitution de banques de type " low biomass " en UDI incluant ribodéplétion en Arnr bactéries et insectes, incorporation d'umi et séquençage de type...”
Titre
constitution de banques de type " low biomass " en UDI incluant ribodéplétion en Arnr bactéries et insectes, incorporation d'umi et séquençage de type Illumina de métatranscriptomes
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Numéro d'identification du lot: 2
Description
Description du marché:
“les prestations attendues au titre du lot 2 sont les suivantes :- préparation de banques ARN de type " low biomass " avec le kit Tecan " Universal Rna-Seq...”
Description du marché
les prestations attendues au titre du lot 2 sont les suivantes :- préparation de banques ARN de type " low biomass " avec le kit Tecan " Universal Rna-Seq with Nuquant" ou équivalent (avec UDI, Dual Indexing) incluant la déplétion des ARN ribosomiques de l'insecte et des bactéries avec les kits Ribozero & Tecan custom anydeplete, et le multiplexage via l'incorporation d'umi (aka molecular tags) pour l'élimination des duplicats - séquençage sur Illumina Novaseq 6000 (environ 40 M de lectures attendues par échantillon) ;- longueur des séquences : 2*150 basepair, paired-end sequencing ;- génération des fichiers Fastq, sans nettoyage des adaptateurs.l'usc MIVEGEC enverra au titulaire des échantillons d'arn congelés dans la carboglace. L'Envoi se fera par transporteur afin d'avoir suivi de la réception
Afficher plus Champ d'application du marché
Valeur totale estimée hors TVA: EUR 100 000 💰
Description
Informations complémentaires:
“les quantités prévisionnelles maximum d'échantillons à séquencer telles qu'elles ont été définies sur 4 années sont les suivantes :160 (Métatranscriptomes...”
Informations complémentaires
les quantités prévisionnelles maximum d'échantillons à séquencer telles qu'elles ont été définies sur 4 années sont les suivantes :160 (Métatranscriptomes ovaires individuels labo) et 240 (Métatranscriptomes pools de 3 midguts)
3️⃣ Champ d'application du marché
Titre:
“constitution de banques d'amplicons 16s (fragment V3-V4 du gène de l'arnr 16s) et séquençage de type Illumina metabarcoding d'organes disséqués d'insectes...”
Titre
constitution de banques d'amplicons 16s (fragment V3-V4 du gène de l'arnr 16s) et séquençage de type Illumina metabarcoding d'organes disséqués d'insectes sur échantillons individuels
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Numéro d'identification du lot: 3
Description
Description du marché:
“les prestations attendues au titre du lot 3 sont les suivantes :- préparation de banques d'amplicon 16s (Fragment V3-V4 du gène de l'arnr 16s)- séquençage...”
Description du marché
les prestations attendues au titre du lot 3 sont les suivantes :- préparation de banques d'amplicon 16s (Fragment V3-V4 du gène de l'arnr 16s)- séquençage sur Illumina Miseq (environ 20.000 séquences/échantillon)- longueur des séquences : 2*250 basepair, paired-end sequencing avec un overlap de 30bp minimum entre R1 et R2 - génération des fichiers Fastq, sans nettoyage des adaptateursl'usc MIVEGEC enverra au titulaire des ADN génomiques. L'Envoi se fera par transporteur afin d'avoir suivi de la réception
Afficher plus Champ d'application du marché
Valeur totale estimée hors TVA: EUR 10 000 💰
Description
Informations complémentaires:
“les quantités prévisionnelles maximum d'échantillons à séquencer telles qu'elles ont été définies sur 4 années sont les suivantes :330 amplicons 16s...”
Informations complémentaires
les quantités prévisionnelles maximum d'échantillons à séquencer telles qu'elles ont été définies sur 4 années sont les suivantes :330 amplicons 16s (Fragment V3-V4 du gène de l'arnr 16s) ; 20 000 Paired-End read/échantillon, 2*250 nt Miseq et QC données
Informations juridiques, économiques, financières et techniques Situation économique et financière
Critères de sélection énoncés dans les documents de passation de marchés
Capacité technique et professionnelle
Critères de sélection énoncés dans les documents de passation de marchés
Procédure Type de procédure
Procédure ouverte
Informations administratives
Délai de réception des offres ou des demandes de participation: 2022-05-16
12:00 📅
Langues dans lesquelles les offres ou les demandes de participation peuvent être présentées: anglais 🗣️
Langues dans lesquelles les offres ou les demandes de participation peuvent être présentées: français 🗣️
Le délai ci-dessous est exprimé en nombre de mois.
Délai minimum pendant lequel le soumissionnaire doit maintenir l'offre: 4
Conditions d'ouverture des offres: 2022-05-16
14:00 📅
Conditions d'ouverture des offres (Informations sur les personnes autorisées et la procédure d'ouverture):
“il s'agit d'une date indicative et la séance d'ouverture des plis n'est pas publique”
“les quantités maximum d'échantillons à séquencer sur 4 années sont définies à l'article 1.3 du règlement de consultation et sont également détaillées dans...”
les quantités maximum d'échantillons à séquencer sur 4 années sont définies à l'article 1.3 du règlement de consultation et sont également détaillées dans le présent avis d'appel public à la concurrence
Afficher plus Organe de révision
Nom: tribunal Administratif de Montpellier
Adresse postale: 6 rue Pitot
Commune postale: Montpellier Cedex
Code postal: 34063
Pays: France 🇫🇷
Téléphone: +33 467548100📞
Courrier électronique: greffe.ta-montpellier@juradm.fr📧
Fax: +33 461547410 📠 Procédure d'examen
Informations précises sur le(s) délai(s) des procédures d'examen:
“précisions concernant les recours susceptibles d'être introduits à l'encontre de la procédure ou du marché, ainsi que sur les délais d'introduction de ces...”
Informations précises sur le(s) délai(s) des procédures d'examen
précisions concernant les recours susceptibles d'être introduits à l'encontre de la procédure ou du marché, ainsi que sur les délais d'introduction de ces recours : - référé précontractuel prévu aux articles L. 551-1à L. 551-12 du code de justice administrative (Cja), pouvant être introduit depuis le début de la procédure de passation jusqu'à la signature du marché ;- référé contractuel prévu aux articles L. 551-13 à L. 551-23 du CJA, pouvant être exercé dans les délais prévus à l'article R. 551-7 du CJA ;- recours de pleine juridiction contestant la validité du marché dans un délai de 2 mois à compter de l'accomplissement des mesures de publicité appropriées au sens de la décision Département de Tarn-Et-Garonne (CE, Ass., 4 avril 2014, no358994). Ce recours en contestation de validité peut être assorti d'une demande tendant, sur le fondement de l'article L. 521-1 du code de justice administrative, à la suspension de l'exécution du contrat
Afficher plus Service auprès duquel des informations sur la procédure de recours peuvent être obtenues
Nom: tribunal Administratif de Montpellier
Adresse postale: 6 rue Pitot
Commune postale: Montpellier Cedex
Code postal: 34063
Pays: France 🇫🇷
Téléphone: +33 467548100📞
Fax: +33 461547410 📠
Source: OJS 2022/S 077-210194 (2022-04-15)
Informations complémentaires (2022-04-22) Objet Champ d'application du marché
Titre:
“construction de banques adn/arn et sequençage haut-debit de type short reads
INRAE-c24-2022-004”
Informations complémentaires Référence de l'avis original
Numéro de l'avis au JO S: 2022/S 077-210194
Changements Texte à corriger dans l'avis original
Numéro de section: IV 2.2
Emplacement du texte à modifier: Date limite de réception des offres
Ancienne valeur
Date: 2022-05-16 📅
L'heure: 12:00
Nouvelle valeur
Date: 2022-05-23 📅
L'heure: 12:00
Texte à corriger dans l'avis original
Numéro de section: IV 2.7
Emplacement du texte à modifier: Modalité d'ouverture des offres
Ancienne valeur
Date: 2022-05-16 📅
L'heure: 14:00
Nouvelle valeur
Date: 2022-05-23 📅
L'heure: 14:00
Source: OJS 2022/S 082-222133 (2022-04-22)
Avis d'attribution de marché (2022-11-24) Objet Champ d'application du marché
Valeur totale du marché (hors TVA): EUR 223394.40 💰
Informations sur les lots
Ce contrat est divisé en lots ✅ Critères d'attribution
Critère de qualité (nom): Valeur Technique
Critère de qualité (pondération): 40
Critère de qualité (nom): Délais d'exécution des prestations
Critère de qualité (pondération): 20
Prix (pondération): 40
Procédure Informations administratives
Publication précédente concernant cette procédure: 2022/S 077-210194
Attribution du marché
1️⃣
Numéro de contrat: 2022-C24-010
Numéro d'identification du lot: 1
Titre:
“construction de banques Adn/Arn et séquençage haut débit de type Short Read, lot 1”
Date de conclusion du contrat: 2022-08-01 📅
Informations sur les appels d'offres
Nombre d'offres reçues: 8
Nom et adresse du contractant
Nom: plateforme Montpellier Genomix
Numéro d'enregistrement national: 108008901300395
Adresse postale: 141 Rue de la Cardonille
Commune postale: Montpellier
Code postal: 34094
Pays: France 🇫🇷
Région: Hérault🏙️
URL: https://www.mgx.cnrs.fr/🌏
Le contractant est une PME
Information sur la valeur du contrat/lot (hors TVA)
Valeur totale estimée du contrat/lot: EUR 110 000 💰
Valeur totale du contrat/lot: EUR 100625.40 💰
2️⃣
Numéro de contrat: 2022-C24-011
Numéro d'identification du lot: 2
Titre:
“construction de banques Adn/Arn et séquençage haut débit de type Short Read, lot 2” Informations sur les appels d'offres
Nombre d'offres reçues: 4
Nom et adresse du contractant
Numéro d'enregistrement national: 180 089 013 00395
Adresse postale: 141 rue de la Cardonille
Information sur la valeur du contrat/lot (hors TVA)
Valeur totale estimée du contrat/lot: EUR 100 000 💰
Valeur totale du contrat/lot: EUR 112 872 💰
3️⃣
Numéro de contrat: 2022-C24-012
Numéro d'identification du lot: 3
Titre:
“construction de banques Adn/Arn et séquençage haut débit de type Short Read, lot 3” Informations sur les appels d'offres
Nombre d'offres reçues: 9
Nom et adresse du contractant
Nom: adn id
Numéro d'enregistrement national: 492 218 862 00034
Adresse postale: 830 Avenue du Campus Agropolis
Commune postale: Montferrier-sur-Lez
Code postal: 34980
URL: http://www.adnid.fr🌏 Information sur la valeur du contrat/lot (hors TVA)
Valeur totale estimée du contrat/lot: EUR 10 000 💰
Valeur totale du contrat/lot: EUR 9 900 💰
Informations complémentaires Procédure d'examen
Informations précises sur le(s) délai(s) des procédures d'examen:
“les recours susceptibles d'être introduits à l'encontre de la procédure ou du marché, ainsi que sur les délais d'introduction de ces recours figurent à la...”
Informations précises sur le(s) délai(s) des procédures d'examen
les recours susceptibles d'être introduits à l'encontre de la procédure ou du marché, ainsi que sur les délais d'introduction de ces recours figurent à la rubrique Vi.4.3 de l'aap (formulaire européen).La date de signature du marché est le 01/08/2022 et la date de notification du marché aux titulaires est le 02/08/2022.le présent avis d'attribution correspond à l'accomplissement des mesures de publicité appropriées au sens de la décision Département de Tarn-Et-Garonne (CE, Ass., 4 avril 2014, no358994). Le contrat est consultable dans le respect des secrets protégés par la loi no78-753 du 17 juillet 1978 codifiée dans le livre III du code des relations entre le public et l'administration, sur place à l'adresse indiquée à la rubrique 1.1 après une demande écrite adressée par courriel (sam-montpellier@inrae.fr) au service financier et comptable du centre INRAE Occitanie-Montpellier et uniquement sur prise de rendez-vous du lundi au vendredi de 9:30 à 11:30 et de 14:30 à 16:00, hors jours fériés et jours de fermeture du site
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Source: OJS 2022/S 230-663929 (2022-11-24)