Prestation de service de sequençage d'acides nucleiques à haut debit

Institut national de la recherche agro

Prestation de service de sequençage d'acides nucleiques à haut debit.
Dans le cadre du projet investissements d'avenir Amaizing, nous souhaitons réaliser du séquençage d'acides nucléique haut-débit grâce à l'utilisation de techniques dites de nouvelle génération. Nous avons trois types de matériel sur lequel le séquençage devra être réalisé. D'Une part nous souhaitons séquencer avec une couverture très profonde (50x) un échantillon de 5 lignées de maïs qui constituent une collection 'Noyau'; d'autre part nous voulons explorer les spécificités du matériel européen et ainsi séquencer à moyenne profondeur (15x) une soixantaine de génomes de lignées de maïs choisies pour leur appartenance à des groupes génétiques distincts et couvrant l'aire de répartition de l'espèce sur le continent européen et en Amérique du Nord; enfin, nous complétons cet échantillonnage par le séquençage de 40 lignées de maïs additionnelles à faible profondeur (3-5 x).

Date limite

Le délai de réception des offres était de 2012-10-10. L'appel d'offres a été publié le 2012-08-29.

Qui ? Qu'est-ce que c'est ? Où ?
Historique des marchés publics
Date Document
2012-08-29 Avis de marché
Avis de marché (2012-08-29)
Objet
Champ d'application du marché
Titre: Services de laboratoire de recherche
Quantité ou étendue:
La prestation demandée comprend deux étapes: la construction de banques génomiques, le séquençage de ces banques et le nettoyage des séquences des adaptateurs utilisés lors du séquençage avant livraison des résultats.Construction des banques:— A réception de l'adn extrait par nos soins, nous demandons que le prestataire effectue un contrôle qualité par dosage par fluorescence, et qu'il nous fournisse ce résultat. Si l'adn n'est pas de qualité suffisante, nous demandons qu'il nous en informe par email dès connaissance des résultats,— Ensuite, la préparation des banques devra être réalisée pour un séquençage de type 'Paired-End' avec une taille moyenne de fragments allant de 400 à 600 paires de base (pb). Les séquences des adaptateurs utilisés devront nous être fournis pour chacun des trois types d'échantillons cités ci-dessus,— Enfin, nous demandons que le prestataire effectue un contrôle qualité des banques par profil de type " Bioanalyseur " et un dosage par PCR quantitative en temps réel. Il devra nous fournir le résultat de ces analyses. Si la banque n'est pas de qualité suffisante (taille de l'insert non respectée, distribution de taille non homogène), elle ne sera pas séquencée et sera remplacée jusqu'à ce que la banque construite soit de qualité et quantité suffisante.Séquençage: Le séquençage devra être réalisé sur Hiseq2000 Illumina en 'Paired-End' de fragments de 2 x 100 pb. Nous demandons que le prestataire nous garantisse au moins 180 millions de paires de fragment par canal Illumina (soit 360 millions de séquences).
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Métadonnées de l'avis
Langue originale: français 🗣️
Type de document: Avis de marché
Nature du marché: Services
Réglementation: Union européenne, avec participation des pays de l'AMP
Vocabulaire commun pour les marchés publics (CPV)
Code: Services de laboratoire de recherche 📦

Procédure
Type de procédure: Procédure ouverte
Type de soumission: Soumission pour tous les lots
Critères d'attribution
Offre la plus économique

Pouvoir adjudicateur
Identité
Pays: France 🇫🇷
Type de pouvoir adjudicateur: Autre
Nom du pouvoir adjudicateur: Institut national de la recherche Agro
Adresse postale: secteur marchés Rd10 route de Saint-Cyr
Code postal: 78026
Commune postale: Versailles
Contact
Adresse Internet: http://www.inra.fr 🌏
Courrier électronique: marches@versailles.inra.fr 📧
Téléphone: +33 130833000 📞
Fax: +33 130833458 📠

Référence
Dates
Date d'envoi: 2012-08-29 📅
Date limite de soumission: 2012-10-10 📅
Date de publication: 2012-08-31 📅
Identifiants
Numéro d'avis: 2012/S 167-277288
Numéro JO-S: 167
Informations complémentaires
Ce marché est soumis à l'ordonnance no 2005-649 du 6.6.2005, relative aux marchés passés par certaines personnes publiques ou privées non soumises au code des marchés publics et ses décrets d'application: — décret no 2005-1742 du 30.12.2005 fixant les règles applicables aux marchés passés par les pouvoirs adjudicateurs mentionnés à l'article 3 de l'ordonnance no 2005-649, — décret no 2007-590 du 25.4.2007 fixant les règles applicables aux marchés passés par les établissement publics mentionnés au 5° du 1 de l'article 3 de l'ordonnance no 2005-649 du 6.6.2005, relative aux marchés passés par certaines personnes publiques ou privées non soumises au Code des Marchés Publics, pour les achats de fournitures, de services et de travaux destinés à la conduite de leurs activités de recherche. Le dossier de consultation est accessible gratuitement: — par téléchargement sur la plateforme https://www.marchespublics-inra.org, — par demande par email à marches@versailles.inra.fr, — par demande par télécopie au 0033 1 30 83 34 58, — demande par courrier à l'adresse du pouvoir adjudicateur. Les réponses peuvent être soit transmises sur la plateforme (https://www.marchespublics-inra.org), soit remises contre récépissé ou envoyées par voie papier à l'adresse du pouvoir adjudicateur. Les critères intervenant pour l'appréciation des candidatures sont: les garanties et capacités techniques et financières; les références professionnelles (prestations similaires) sur les trois dernières années. Les critères d'attribution spécifiés dans le présent avis sont détaillés à l'article 5 du Règlement de Consultation. Le délai de livraison est de 6 (six) mois maximum à compter de la date de notification du marché. Les résultats seront livrés sous forme de fichier fastq, par envoi de disque dur externe uniquement. Date d'envoi du présent avis au JOUE et au BOAMP: 29.8.2012.
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Objet
Champ d'application du marché
Brève description:
Prestation de service de sequençage d'acides nucleiques à haut debit.
Dans le cadre du projet investissements d'avenir Amaizing, nous souhaitons réaliser du séquençage d'acides nucléique haut-débit grâce à l'utilisation de techniques dites de nouvelle génération. Nous avons trois types de matériel sur lequel le séquençage devra être réalisé. D'Une part nous souhaitons séquencer avec une couverture très profonde (50x) un échantillon de 5 lignées de maïs qui constituent une collection 'Noyau'; d'autre part nous voulons explorer les spécificités du matériel européen et ainsi séquencer à moyenne profondeur (15x) une soixantaine de génomes de lignées de maïs choisies pour leur appartenance à des groupes génétiques distincts et couvrant l'aire de répartition de l'espèce sur le continent européen et en Amérique du Nord; enfin, nous complétons cet échantillonnage par le séquençage de 40 lignées de maïs additionnelles à faible profondeur (3-5 x).
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Quantité ou étendue:
La prestation demandée comprend deux étapes: la construction de banques génomiques, le séquençage de ces banques et le nettoyage des séquences des adaptateurs utilisés lors du séquençage avant livraison des résultats.
Construction des banques:
— A réception de l'adn extrait par nos soins, nous demandons que le prestataire effectue un contrôle qualité par dosage par fluorescence, et qu'il nous fournisse ce résultat. Si l'adn n'est pas de qualité suffisante, nous demandons qu'il nous en informe par email dès connaissance des résultats,
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— Ensuite, la préparation des banques devra être réalisée pour un séquençage de type 'Paired-End' avec une taille moyenne de fragments allant de 400 à 600 paires de base (pb). Les séquences des adaptateurs utilisés devront nous être fournis pour chacun des trois types d'échantillons cités ci-dessus,
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— Enfin, nous demandons que le prestataire effectue un contrôle qualité des banques par profil de type " Bioanalyseur " et un dosage par PCR quantitative en temps réel. Il devra nous fournir le résultat de ces analyses. Si la banque n'est pas de qualité suffisante (taille de l'insert non respectée, distribution de taille non homogène), elle ne sera pas séquencée et sera remplacée jusqu'à ce que la banque construite soit de qualité et quantité suffisante.
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Séquençage: Le séquençage devra être réalisé sur Hiseq2000 Illumina en 'Paired-End' de fragments de 2 x 100 pb. Nous demandons que le prestataire nous garantisse au moins 180 millions de paires de fragment par canal Illumina (soit 360 millions de séquences).
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Description des options: Avenant(S) possible(s) dans la limite de la réglementation en vigueur.
Durée de l'accord: 6 mois
Lieu d'exécution
Site principal ou lieu d'exécution:
Unité mixte de recherche en génétique végétale - ferme du Moulon, 91190 Gif-sur-Yvette, FRANCE.

Informations juridiques, économiques, financières et techniques
Conditions de participation
Habilitation à exercer l'activité professionnelle:
Formulaires DC1, DC2, NOTI1 et NOTI2 ou équivalents pour les candidats non établis en France.
— copie du ou des jugements prononcés en cas de redressement judiciaire,
— une déclaration sur l'honneur pour justifier que le candidat n'entre dans aucun des cas mentionnés à l'article 8 de l'ordonnance 2005-649 du 6.6.2005,
— extrait k bis.
Situation économique et financière:
— Le chiffre d'affaires global et le chiffre d'affaires concernant les prestations similaires sur les 3 dernières années,
— La liste des références pour des prestations similaires de la clientèle publique et privée sur les 3 dernières années, avec notamment les montants et les coordonnées de la clientèle (nom et numéro de téléphone).
Capacité technique et professionnelle:
La liste des références pour des prestations similaires de la clientèle publique et privée sur les 3 dernières années, avec notamment les montants et les coordonnées de la clientèle (nom et numéro de téléphone).
Exécution du marché
Principales conditions de financement et modalités de paiement et/ou référence aux dispositions pertinentes qui les régissent:
Les fonds alloués au marché sont 82 % Franceagrimer et 18 % INRA.
Paiement par virement administratif sous 45 jours maximum à réception de la facture (en cas de dépassement de ce délai des intérêts moratoires seront versés au titulaire).
Acompte de 30 % à l'issue de la construction des banques génomiques. Paiement du solde à la livraison des résultats.
Forme juridique que devra revêtir le groupement d'opérateurs économiques attributaire du marché: Groupement conjoint (mandataire solidaire) ou solidaire.

Procédure
Période de validité de l'offre: 120 jours
Critères d'attribution
Critère: 1. Prix (35)
2. Nombre de séquences garanties, qualité des banques et des données (25)
3. Détail du protocole et des adaptateurs utilisés (10)
4. Délais de réalisation (15)
5. sav prévu dans le cadre de l'exécution et du suivi du marché (15)
Langues
Langue: français 🗣️

Pouvoir adjudicateur
Identité
Autre type de pouvoir adjudicateur: Other
Contact
Point de contact: secteur marchés
Mme la directrice des services d'appui
Adresse du profil d'acheteur: http://www.marchespublics-inra.org 🌏

Référence
Informations complémentaires
Ce marché est soumis à l'ordonnance no 2005-649 du 6.6.2005, relative aux marchés passés par certaines personnes publiques ou privées non soumises au code des marchés publics et ses décrets d'application:
— décret no 2005-1742 du 30.12.2005 fixant les règles applicables aux marchés passés par les pouvoirs adjudicateurs mentionnés à l'article 3 de l'ordonnance no 2005-649,
— décret no 2007-590 du 25.4.2007 fixant les règles applicables aux marchés passés par les établissement publics mentionnés au 5° du 1 de l'article 3 de l'ordonnance no 2005-649 du 6.6.2005, relative aux marchés passés par certaines personnes publiques ou privées non soumises au Code des Marchés Publics, pour les achats de fournitures, de services et de travaux destinés à la conduite de leurs activités de recherche.
Afficher plus
Le dossier de consultation est accessible gratuitement:
— par téléchargement sur la plateforme https://www.marchespublics-inra.org,
— par demande par email à marches@versailles.inra.fr,
— par demande par télécopie au 0033 1 30 83 34 58,
— demande par courrier à l'adresse du pouvoir adjudicateur.
Les réponses peuvent être soit transmises sur la plateforme (https://www.marchespublics-inra.org), soit remises contre récépissé ou envoyées par voie papier à l'adresse du pouvoir adjudicateur.
Les critères intervenant pour l'appréciation des candidatures sont: les garanties et capacités techniques et financières; les références professionnelles (prestations similaires) sur les trois dernières années.
Les critères d'attribution spécifiés dans le présent avis sont détaillés à l'article 5 du Règlement de Consultation.
Le délai de livraison est de 6 (six) mois maximum à compter de la date de notification du marché.
Les résultats seront livrés sous forme de fichier fastq, par envoi de disque dur externe uniquement.
Date d'envoi du présent avis au JOUE et au BOAMP: 29.8.2012.

Informations complémentaires
Organe de révision
Nom: Tribunal administratif de Versailles
Adresse postale: 56 avenue de saint-cloud
Commune postale: Versailles
Code postal: 78011
Pays: France 🇫🇷
Courrier électronique: greffe.ta-versailles@juradm.fr 📧
Téléphone: +33 139205400 📞
Fax: +33 139205487 📠
Service auprès duquel des informations sur la procédure de recours peuvent être obtenues
Nom: INRA Centre Versailles-Grignon
Adresse postale: secteur Marchés RD 10 Route de Saint-Cyr
Code postal: 78026
Téléphone: +33 130833000 📞
Adresse Internet: http://www.versailles-grignon.inra.fr 🌏
Fax: +33 130833458 📠
Source: OJS 2012/S 167-277288 (2012-08-29)
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Région:
France Ile-de-France Ile-de-France Essonne
Produits/services:
Services de recherche et développement et... Services de recherche et développement... Services de recherche Services de laboratoire de recherche